Natuurwerkgroep De Kerkuil werkt op verschillende bestuursniveaus samen met overheden om haar werking rond agrarische natuur te versterken. Op lokaal niveau wordt samengewerkt met gemeenten binnen het werkingsgebied via overleg- en adviesmomenten en deelname aan milieuraden en gecoro’s. Op provinciaal niveau werkt de werkgroep samen met de Provincie West-Vlaanderen bij de realisatie van projecten rond akkervogels. Op Vlaams niveau wordt nauw samengewerkt met het Agentschap voor Natuur en Bos (ANB), de Vlaamse Landmaatschappij (VLM) en het Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO). Deze samenwerkingen richten zich op projecten. Op federaal niveau wordt er rond wetenschappelijk onderzoek samengewerkt met het Instituut voor Natuurwetenschappen (het ringen van vogels). Door deze samenwerking over de bestuursniveaus heen, versterkt de werkgroep haar impact op natuurbehoud, kennisdeling en beleidsvoorbereiding.